จุดเริ่มต้นของศาสนาพุทธในญี่ปุ่นนั้น ถูกถ่ายทอดมาจากอาณาจักรปักเซ (Packche) ของเกาหลี มายังญี่ปุ่นประมาณศตวรรษที่ 5 ขณะเดียวกัน พุทธศาสนาในแต่ละยุคของญี่ปุ่นก็มีประวัติศาสตร์และพัฒนาการที่คล้ายกับหลายประเทศนะครับ กล่าวคือจะอิงสถานการณ์บ้านเมืองเป็นหลัก เพราะศาสนาจะได้รับแรงสนับสนุนหรือการขัดขวางต่อต้าน ก็มักจะมาจากพระราชวงศ์และตระกูลผู้มีอำนาจทางการปกครองในขณะนั้นๆ
จากการค้นคว้าข้อมูลประกอบในช่วงที่เดินทางมาศึกษาเรื่องศาสนาในญี่ปุ่น เราสามารถจำแนกประวัติศาสตร์พุทธศาสนาในญี่ปุ่นออกเป็น 3 ยุคหลัก คือ
1. ญี่ปุ่นยุคแรกเริ่ม (Classical Japan) ได้แก่ ยุคอาซุกะ (Asuka) ซึ่งเป็นยุคที่พระพุทธศาสนาถูกนำเข้ามาเผยแผ่จากเกาหลี แล้วเจริญรุ่งเรืองจนกลายเป็นศาสนาประจำชาติ ต่อด้วย ยุคนารา (Nara) ซึ่งเป็นยุคที่พุทธศาสนาเจริญแพร่หลายไปสู่ประชาชนทุกหมู่เหล่า เพราะได้รับการสนันสนุนจากเจ้าชายโชโตกุ (Shotoku) จนทำให้รุ่งเรืองอย่างมาก มีนิกายต่างๆ และมีสถาปัตยกรรมทางพระพุทธศาสนาเกิดขึ้นมากมายในยุคนี้
ศาสนามีหน้าที่ทำพิธีต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับราชวงศ์ ดังนั้น ศาสนาพุทธจึงถือเป็นศาสนาที่มีอิทธิพลกับชนชั้นสูงและกลุ่มพระเท่านั้น ไม่ได้มีการสอนหรือให้ความรู้กับชุมชน และไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับประชาชนทั่วไปเท่าไรนัก
ในช่วงปลายสมัยนารา เริ่มมีพุทธแบบวัชรยาน (Esoteric Buddhism) ที่เน้นการปฎิบัติเข้ามา 2 สาย คือ นิกายชินงอน (Shingon) ที่ก่อตั้งโดย พระคุณเจ้ากุไก (Kukai) และนิกายเทนได (Tendai) ที่ก่อตั้งโดย พระคุณเจ้าไซโช (Saichou) แต่พุทธวัชรยานจะค่อนข้างสันโดษ มักเข้าไปปลีกวิเวกในป่า หรือไปสร้างวัดบนภูเขาที่ห่างไกลจากเมืองมาก
สองนิกายนี้เจริญรุ่งเรืองมากในช่วงปลายสมัยนารา ต้นยุคเฮอัน (Heian) และเป็นยุคที่ศาสนาพุทธกับชินโตเริ่มมีการผสมปนเปกันบ้างแล้ว
2. ญี่ปุ่นยุคกลาง (Medieval Japan) หรือเรียกอีกอย่างว่า ยุคศักดินา (Feudal Japan) เป็นยุคที่ญี่ปุ่นอยู่ภายใต้การปกครองของรัฐบาลทหารในระบอบโชกุนกินเวลายาวนานถึง 800 ปี นับตั้งแต่ยุคคามาคุระ (Kamakura) ไปจบลงที่ยุคเอโดะ (Edo)
พระพุทธศาสนาในยุคนี้มีทั้งเจริญและเสื่อม ตามสถานการณ์ของบ้านเมือง และนโยบายของผู้นำแต่ละยุคสมัย นิกายที่เจริญรุ่งเรืองในยุคนี้ คือ นิกายรินไซ (Rinzai) ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากโชกุนและองค์จักรพรรดิ เป็นยุคที่ซามูไรกำลังรุ่งเรือง ซึ่งเป็นจังหวะพอดีกับที่มีพุทธนิกายเซนเข้ามา เน้นการปฏิบัติด้วยวิถีที่มีระเบียบเป็นอย่างมาก ซึ่งเข้ากันกับวิถีแบบซามูไรในยุคนั้น จึงทำให้เซนได้รับความนิยม และมีแรงสนับสนุนอย่างมาก
นอกจากนี้ ยังมีนิกายโจโด หรือสุขาวดี (Joudo) และนิกายนิชิเรน (Nichiren) ถือกำเนิดขึ้นในยุคนี้ด้วยครับ พร้อมกับมีแนวคิดใหม่เกิดขึ้นว่า “มนุษย์ทุกชนชั้นมีธรรมชาติแห่งความเป็นพุทธะอยู่ภายใน” สามารถได้รับความเมตตาจากพระพุทธเจ้า ถ้าพวกเขามีศรัทธาตั้งมั่น ซึ่งมีรากฐานมาจากแนวคิดเรื่องพระโพธิสัตว์ของมหายานนั่นเองครับ
3. ญี่ปุ่นยุคสมัยใหม่ (Modern Japan) นับตั้งแต่การปฏิรูปสมัยเมจิจนถึงปัจจุบัน เป็นยุคสิ้นสุดการปกครองของระบอบโชกุน เป็นยุคสิ้นสุดการปิดประเทศ มีการฟื้นฟูอำนาจของพระเจ้าจักรพรรดิขึ้นมาใหม่ โดยใช้ศาสนาเป็นเครื่องมือหนึ่งในกลไกการสร้างรัฐ
ดังนั้น ลัทธิชาตินิยมแบบชินโตจึงถูกดึงกลับมาอีกครั้ง แต่เป็นยุคแห่งการกวาดล้างพุทธศาสนาอย่างรุนแรง รัฐบาลใหม่ต่อต้านศาสนาพุทธ เพราะเห็นว่ามีความเกี่ยวพันแน่นแฟ้นกับระบอบโชกุน จึงมีการทำลายวัดมากมาย ทำให้พุทธหลายนิกายค่อยๆหายไป เพราะไม่ปรับตัวให้เข้ากับนโยบายรัฐ แต่ก็ยังมีบางนิกายเลือกที่จะปรับตัว เพื่อความอยู่รอด นั่นคือรินไซและโชโต
ต่อมาหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 ญี่ปุ่นสิ้นสุดยุคเมจิ ก้าวเข้าสู่สังคมประชาธิปไตย พุทธศาสนาได้รับการฟื้นฟูขึ้นมาใหม่ มีกลุ่มองค์กรทางพระพุทธศาสนาเกิดขึ้นเป็นจำนวนมาก มีการศึกษาพระพุทธศาสนาแบบสมัยใหม่ โดยมีการก่อตั้งโรงเรียน วิทยาลัย มหาวิทยาลัย และสถาบันวิจัยทางพระพุทธศาสนามากมาย
การปฏิรูปในยุคเมจิครั้งนั้น ส่งผลต่อการเปลี่ยนแปลงของพุทธศาสนาในยุคต่อมาเป็นอย่างมากครับ ที่เห็นได้ชัดอย่างหนึ่งคือ การแต่งงานมีครอบครัวของพระภิกษุ (ซึ่งชาวพุทธในหลายประเทศมักไม่เข้าใจว่า ทำไมพระญี่ปุ่นจึงมีภรรยาได้) ส่งผลให้วิถีชีวิตนักบวชญี่ปุ่นถูกแบ่งเป็น 2 กลุ่ม คือ
1. กลุ่มที่รักษาพระวินัยอย่างเคร่งครัด ถือเพศพรหมจรรย์ ไม่มีภรรยา
2. กลุ่มที่ถือบวชแบบครอบครัว มีภรรยาเหมือนชาวบ้านทั่วไป
นอกจากพระญี่ปุ่นจะแต่งงานมีครอบครัวได้แล้ว บางนิกายยังมีข้อบัญญัติอีกว่า ตำแหน่งพระสามารถสืบทอดเป็นมรดกแก่บุตรคนโตได้ด้วย อย่างในสมัยของท่านโซนิน ชินรัน นักปราชญ์คนสำคัญแห่งโจโด เป็นคนแรกที่เสนอว่า พระและวัดไม่สำคัญ แม้จะคงวัดไว้แต่ให้พระมีภรรยาได้ และตำแหน่งเจ้าอาวาสให้สืบสายกันอยู่ในตระกูล
เนื่องจากในขณะนั้น พระภิกษุมีบทบาทและฐานะหลายอย่างในเวลาเดียวกัน ทั้งการเป็นผู้เผยแผ่พระพุทธศาสนา เป็นผู้ที่ได้รับการเคารพบูชาสูงสุดจากชาวบ้าน เป็นพลเมืองที่ต้องอยู่ภายใต้กฎหมายของบ้านเมือง และเป็นพระภิกษุซึ่งต้องรักษาศีลของพระไว้
กอปรกับสถานการณ์บ้านเมืองดังที่ได้กล่าวมาแล้วข้างต้นว่า พุทธศาสนาถูกกวาดล้างและขาดการส่งเสริมสนับสนุน พระต้องถูกบีบคั้นจากกลุ่มชนชั้นปกครอง จึงตกอยู่ในสถานการณ์ที่ถูกบังคับให้หารายได้มาเลี้ยงชีพ และรักษาวัดวาอารามของตนให้อยู่รอด จึงทำให้เกิดความย่อหย่อนในพระธรรมวินัย
นอกจากนี้ ระบบทหารที่ปกครองในยุคนั้น มักจะมีกฎเกณฑ์บังคับมาก เช่น จำกัดจำนวนศาสนิกชน จำกัดขอบเขตในการประกอบพิธีกรรม จำกัดเสรีภาพในการแสดงความคิดเห็น บทบาทและฐานะของพระที่หลากหลาย จึงทำให้เป็นภาระ รวมทั้งการที่พระปรับตัวไม่ทันต่อความเปลี่ยนแปลงของสังคมด้วย
ดังนั้น วัตถุประสงค์ที่ท่านโซนิน ชินรัน เสนอแนวคิดเช่นนี้มา ก็เพื่อกำจัดการแบ่งแยกระหว่างพระภิกษุกับคฤหัสถ์ สร้างความสะดวกในการเผยแผ่ศาสนา โดยไม่ต้องกังวลว่าจะละเมิดพระวินัยที่เป็นข้อห้าม ทำให้เกิดความสบายใจในขณะปฏิบัติหน้าที่ นี่จึงเป็นเหตุให้นิกายอื่นเอาอย่างในเวลาต่อมาครับ
แต่ระยะแรกก็ทำกันอย่างลับๆ จนถึงสมัยเมจิ พระจักรพรรดิโปรดให้พระทุกนิกายเลิกถือพรหมจรรย์ และมีบุตรภรรยาได้อย่างเปิดเผย ส่งผลให้ปัจจุบันนี้มีพระสงฆ์ที่แต่งงานมีครอบครัว มีอยู่ในเกือบทุกนิกายของพระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นเลยล่ะครับ